From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Sat Nov 1 04:38:14 2008 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Sat, 1 Nov 2008 04:38:14 +0900 Subject: [Glang-users] =?iso-2022-jp?b?MS44LjUbJEIlaiVqITwlOSFKPUUbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQmclUCUwJVUlIyVDJS8lOSROJCpDTiRpJDshSxsoQg==?= Message-ID: <405A7AED-5CDA-49A4-895A-3FFB7FA08686@sfc.keio.ac.jp> g. 1.8.5リリースしました。 基本的にバグフィックスなのですが、今回は大変申し訳ないことに 重大なバグがありました。 GenBankパーサーで、複数行に渡るjoinのパースがうまくいかず、 最初の行だけが読まれていた可能性が高いです。真核生物を扱う ユーザが極端に少なかったため、これまで見つかってこなかったよ うです。 v.1.0.0~1.8.4までの全てのリリースに影響があります。この間に GenBankで真核生物の多数のエキソンを持つ遺伝子に対して $gb->{$cds}->{end} や $gb->get_geneseq($cds) などの操作を行った場合、間違った結果となっている可能性が 高いです。このような解析を行っていた方は、本当に申し訳ない ですが結果の確認をしていただく必要があります。 EMBLのパーサには問題ありませんでした。GenBankパーサのみ がこのバグの影響を受けています。 changelogは以下のとおりです。 ===== v.1.8.5 2008.11.01 ===== *fixed a bug of seqinfo() in handling capitalized sequence data. *fixed $gb->output() bug in handling '%' *fixed multi-fasta related bug in G::IO::FastaI, and optimized *fixed gcf file permission *fixed a bug in GenBank parser. **WARNING: previous versions may not have correctly parsed "join" definitions that span for multiple lines.** この機能を使ったと思われる論文がまだないことが不幸中の幸い とはいえ、多くの方にご迷惑をおかけし大変申し訳ありません。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/glang-users/attachments/20081101/72aca47f/attachment.htm From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Fri Nov 21 02:48:19 2008 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Fri, 21 Nov 2008 02:48:19 +0900 Subject: [Glang-users] Mathematica 7 includes the human genome Message-ID: 荒川です。 今週発売されたMathematica 7、どうやらヒトゲノムが丸ごと 入って いるようで、タンパク質の立体構造の可視化などもできるようです。 http://www.wolfram.com/products/mathematica/newin7/content/IntegratedGenomicAndProteinData/ まだ機能は限定的ですし、$2500するソフトウェアということは ありますが、G-language Projectとしてはある程度危機感を持って 見守る必要がありそうです。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/glang-users/attachments/20081121/8c1de0d5/attachment.htm