ご報告のような不具合は、こちらでは再現しませんでした。
研修会で、ほかに同様のトラブルにあっていた人はいるのでしょうか。

削除されてしまうファイルというのは、どのようにして、作成または入手したものでしょうか。
削除されてしまうというファイルの置き場所として、どこのフォルダに保存していたのでしょうか。
また、そもそも「エラーメッセージ」というのは、具体的にはどのような内容のものでしょうか。

岩手県の高校教員です。お返事有り難うございます。

SourceEditorのショートカットがデスクトップにできますよね。
ファイル（例えば，普通に保存した.sqsファイル）を，そのショートカットにドラッグ＆ドロップすると，起動できない旨のダイアログが開きます。詳細を見ると［無効な引数が指定されました］となっています。このダイアログが出ると同時に，ドラッグ＆ドロップしたファイルが消えてしまいます。

　　１　SourceEditorを起動
　　２　アンケート作成後，名前を変えて保存（例えばnewfile.sqs）
　　３　SourceEditorを終了
　　４　newfile.sqs を SourceEditor のショートカットに，ドラッグ＆ドロップ
　　５　エラーメッセージのダイアログが出ると同時に，newfile.sqs が消滅

当然，ファイルを開くときに，SourceEditor を起動して，［ファイル］メニューから開けば，何の問題もありません。